De prijs van waterstofbrandstof in Canada is over het algemeen hoger dan die van benzine of diesel. Dit komt doordat de productie en distributie van waterstofbrandstof momenteel minder ingeburgerd en minder efficiënt is dan traditionele fossiele brandstoffen.

Over het algemeen variëren de kosten van waterstofbrandstof in heel Canada op basis van een aantal factoren, zoals regionale vraag, beschikbaarheid van aanbod en overheidsstimulansen. Sommige provincies, zoals British Columbia en Quebec, hebben door de overheid gesubsidieerde infrastructuur voor het tanken van waterstof, wat kan helpen de kosten van waterstof in die gebieden te verlagen.

Opgemerkt moet worden dat de adoptie van waterstoftechnologie in Canada nog in de kinderschoenen staat en dat het aantal waterstoftankstations relatief laag is. Naarmate technologie wijdverspreider wordt en de vraag naar waterstof toeneemt, kunnen de prijzen concurrerender worden dan die van traditionele fossiele brandstoffen.